Mentre l'NCIS piange la perdita di Ducky, gli agenti trovano conforto nel lavorare su uno dei suoi casi incompiuti che coinvolge una donna il cui padre è stato congedato con disonore dai Marines.
L'agente speciale responsabile dell'NCIS Feng Zhao, il padre di Knight, aiuta la squadra a svelare il mistero di un'arma di servizio usata di recente appartenente a un agente scomparso.
Dopo aver scoperto il corpo di un pilota della marina pieno di ferite insolite, l'indagine dell'NCIS trascina la squadra nella tana del coniglio delle teorie del complotto sugli UFO.
L'NCIS viene attaccato da un misterioso nemico del passato. Vance cerca di risolvere i problemi con il figlio da cui non si è allontanato spiegando perché, nonostante i continui pericoli del suo lavoro, scelga ancora di rimanere all'NCIS.
Tre corpi vengono trovati su una vecchia nave della Marina che sta per essere affondata e trasformata in una barriera corallina artificiale. Quando Parker e Knight stanno per indagare, vengono rinchiusi all'interno da una figura oscura.
Mentre Vance si prepara a ospitare colloqui diplomatici con il Venezuela, la squadra viene chiamata a indagare sul cadavere di uno dei suoi infiltrati.
È Halloween e la squadra viene chiamata a casa di un NAVY SEAL. È tornato a casa dopo essere stato schierato e ha trovato alcune persone in casa sua che sostengono che non sia il proprietario del loro amico.
Dopo aver ricevuto informazioni su minacce mortali a più località che potrebbero portare a una guerra catastrofica, l'NCIS viene chiamato per cercare di neutralizzare il pericolo.
