A bordo dell'Air Force One un ufficiale della Marina muore dopo mangiare con il Presidente. Poi un altro ufficiale muore a Georgetown nello stesso modo. Abby identifica la causa. Gibbs ostacola un tentativo di assassinare il Presidente.
Durante l'addestramento, un Marine viene ucciso quando il suo paracadute principale non è aperto e non può tirare il paracadute di riserva. Kate si unisce alla squadra e indaga. Identificano l'assassino, il metodo e un legame con la droga.
Il comandante della marina americana Seadog è stato trovato morto su una spiaggia nel nord della Virginia. Due presunti trafficanti di droga sono trovati morti nelle vicinanze. Tutti e tre furono uccisi. La DEA, l'FBI e l'NCIS, indagano.
Un nuotatore trova il corpo di un marinaio disperso da un cacciatorpediniere della Marina americana. La squadra dell'NCIS indaga, trova un nostromo collegato alla vittima e alla sua morte e salva il capitano da un'esplosione.
Un cacciatore trova un container aereo con il corpo mummificato di un ufficiale di sbarco della marina scomparso dalla sua portaerei, oltre a 1,2 milioni di dollari. La squadra corregge alcuni vecchi errori e ora mette le cose a posto.
Un cuoco trova un marinaio nudo all'interno di un congelatore in un ristorante a Rota, in Spagna, durante una visita al porto della USS Enterprise. In alto mare, un altro marinaio impazzisce sul ponte di volo. La sua squadra indaga.
Gli operai trovano il corpo in decomposizione di un sub, all'interno di un fusto pieno di acido. Il caso viene trattato come omicidio e furto d'identità. Gibbs e Kate salpano in un sottomarino, trovano il cattivo e salvano l'equipaggio.
Dopo arrivare dal Campo Delta di Gitmo, un sottufficiale di origine egiziana muore negli Stati Uniti a causa di una massiccia emorragia causata da un'ostruzione intestinale. Gibbs e altri indagano su Gitmo e impediscono un omicidio.
Due marine sarebbero stati uccisi durante un'operazione riservata in un paese straniero sconosciuto. Uno di loro prova a chiamare a casa. La squadra indaga; incontrano molte interferenze, ma ci riescono e raggiungono un lieto fine.
Una giovane donna emerge da una tomba improvvisata poco profonda a Rock Creek Park, Washington, DC, dicendo che non c'è tempo, c'è una bomba a bordo di una nave della Marina e la gente morirà. la Polizia Metropolitana e l'NCIS rispondono.
Un ufficiale di marina, un subacqueo SEAL, muore per una coltellata dopo aver nuotato mentre testava un dispositivo sonar portatile classificato, che scompare. Una telefonata anonima denuncia l'omicidio.
Una gamba, apparentemente parte del corpo di un marine, viene trovata in una discarica. Tuttavia, secondo i documenti ufficiali, quel soldato è morto due anni fa. L'NCIS interviene e risolve il caso.
Un reclutatore della Marina viene ucciso nel suo ufficio da un solo colpo di pistola. Gibbs e la banda indagano e poi un secondo muore allo stesso modo. Aspettano un altro omicidio, quindi gli tendono una trappola e funziona.
Un dentista della Marina in una stazione aerea navale muore per un colpo di pistola alla schiena, sembra un omicidio in stile esecuzione. Altri due uomini della stessa base aerea navale moriranno presto nello stesso modo. L'NCIS indaga.
Un colonnello dei Marine scompare durante un'imboscata in Iraq, insieme a due milioni di dollari in contanti e rientra negli Stati Uniti sotto falso nome. L'FBI lo sta cercando e anche Gibbs.
Un agente sconosciuto entra nella sala delle autopsie e prende prigionieri Ducky, Gerald e successivamente Kate. Richiede prove relative ad un cadavere.
Il corpo di un sottufficiale cade dal soffitto in una discoteca. Gibbs e la squadra indagano. Ducky dice che qualcuno ha vestito la vittima dopo la sua morte. Gibbs trova 40.000 dollari e un collegamento tra uno scherzo ed un'eredità.
Un prigioniero, che era un SEAL e un sottufficiale, fugge da Fort Leavenworth mentre scontava la pena per aver ucciso sua moglie e un tizio della TV via cavo. Il team lo cerca e valuta se nel caso c'è qualcosa che non va.
Il corpo sventrato di un agente dell'NCIS è trovato in un ascensore. Gibbs si sente responsabile. La vittima stava indagando sul irrisolto caso del furto di oltre 12 milioni di dollari alla Marina. L'NCIS trova il ladro e l'assassino.
Un marine tecnico dell'Explosive Ordnance Disposal non si presenta a rapporto dopo un fine settimana. L'NCIS indaga. Altri tre Marines tecnicos EOD sono scomparsi negli ultimi otto anni. Abby trova i punti e gli altri li collegano.
Un gruppo di adolescenti che giocano trova il corpo di un marine impalato. La vittima era un armiere a Quantico. Gibbs e la squadra risolvono sia l'omicidio che il furto delle armi in eccesso. Un agente dell'ATF assume un ruolo insolito.
Un tenente SEAL cade mortalmente, a causa di un mancato montaggio della sua attrezzatura, mentre si calava in corda doppia durante un'esercitazione. La CIA esprime intenso interesse. Abby e McGee forniscono risposte e risolvono il caso.
Con estrema determinazione Gibbs continua, al limite dell'ossessione, a concentrarsi sullo sconosciuto terrorista che gli ha sparato ed è fuggito. Il cattivo riappare e Kate e Tony scompaiono. Gibbs alla fine incontra la sua preda.
