Le tartarughe ninja e Shredder combattono ancora una volta, questa volta per il possesso di un contenitore di sostanza radioattiva che Shredder vuole usare per creare un esercito di nuovi mutanti.
Quando la loro più cara amica April O'Neil scopre un antico scettro con poteri magici, le tartarughe devono viaggiare nel Giappone del 17° secolo per salvarla dalle grinfie malvagie di Lord Norinaga.
Le tartarughe entrano in un'altra battaglia con il loro nemico Shredder, che ha acquisito nuovi alleati: i criminali mutanti Bebop e Rocksteady e l'alieno Krang.