In una colonia penale, Nemo pianifica una fuga sul sottomarino da lui progettato. Quando gli viene ordinato di partire presto, parte con pochi prigionieri mentre l'equipaggio, durante il tragitto, si scontra con una nave.
Quando alcuni membri dell'equipaggio cercano di lasciare il Nautilus e nuotare fino a riva, vengono scoperti dagli emissari della compagnia e costretti a tornare indietro. Ora il Nautilus deve uscire in mare per evitare la cattura.
Il capitano Nemo e il suo equipaggio sono costretti a fare scalo sull'isola di Karajan per acqua e rifornimenti. Nemo scopre una verità scioccante e Humility e l'equipaggio scoprono chi è veramente Nemo.
Il capitano Nemo e il suo equipaggio affamato sbarcano su un'isola deserta in cerca di cibo. Quando Blaster scompare, Nemo e Humility intraprendono un'audace missione di salvataggio, ma presto incontrano un'anguilla elettrica gigante.
Appare un misterioso bagliore rosso e l'anguilla gigante rilascia improvvisamente il Nautilus, che si rivela essere una catena di vulcani sottomarini. Senza potenza di sterzo, il Nautilus continua ad affondare verso la pericolosa lava.
I vulcani sottomarini rivelano un indizio sulla leggendaria città sottomarina di Atlantide. Un piccolo gruppo va in esplorazione e trova quello che sembra essere un antico avamposto della civiltà perduta.
Un'audace battaglia tra le navi della Compagnia Dreadnought e Nautilus le lascia bloccate nel ghiaccio artico, portando a una tregua difficile. Nemo si riunisce con un amico del suo passato ed è scosso da nuove rivelazioni su suo padre.
Quando viene scoperto che Nemo è stato troppo audace e ha messo in pericolo l'equipaggio, lo chiudono nella sua cabina e Boniface prende invece il comando. Al polo nord magnetico i problemi si accumulano. Nemo deve unire il suo equipaggio.
Quando Nautilus arriva finalmente al tesoro, si rendono conto che non è stato affatto dimenticato, anzi, è custodito da guerrieri selvaggi. Nemo sente di aver guidato il suo equipaggio fino alla fine del mondo, per niente.
Con il nuovo obiettivo, rovesciare la Compagnia, l'equipaggio diffonde voci secondo cui la compagnia sta per fallire. Il prezzo delle azioni scende drasticamente e la Società convoca tutti i proprietari a una riunione.
