Lain Iwakura, une adolescente de 14 ans, découvre un courriel d'une camarade décédée disant vivre dans le 'Wired'. En explorant ce monde virtuel, Lain découvre des secrets sur la réalité et sa propre identité.
Un lycéen intelligent se lance dans une croisade secrète afin d'éliminer les criminels du monde après avoir découvert un cahier, si on écrit un nom dedans les personnes écrites sont tuées.
Seemingly unconnected citizens of Tokyo are targeted for bludgeoning by a boy with a golden baseball bat. As detectives try to link the victims, they discover that following the assaults, the victims' lives have improved in some way.
Un être nommé Kyubey offre un vœu à Madoka et Sayaka si elles acceptent de devenir des " filles magiques " et de combattre des êtres abstraits appelés " sorcières ".