Cuando una bella desconocida lleva al hacker Neo a un inframundo prohibido, descubre la impactante verdad: la vida que conoce es un elaborado engaño de una ciberinteligencia malvada.
Los luchadores por la libertad Neo, Trinity y Morfeo siguen liderando la revuelta contra el ejército de las máquinas, desplegando su arsenal de habilidades y armas extraordinarias contra las fuerzas sistemáticas de represión y explotación.
La ciudad humana de Zion se defiende de la invasión masiva de las máquinas, mientras Neo lucha por acabar con la guerra en otro frente, al tiempo que se opone al malvado agente Smith.